Mae microsgopau golau ac electron yn wahanol i'w gilydd. Cymharwch amrywiadau termau tebyg.
Dim ond strwythurau celloedd penodol y gall microsgop optegol eu gweld, megis cellfuriau, cloroplastau, cromosomau wedi'u labelu, mitocondria, niwclysau, ac ati, tra bod microsgop electron yn gallu arsylwi holl strwythurau cell. Yn syml, gall microsgop golau ddatgelu strwythur microsgopig cell, tra gall microsgop electron ddatgelu ei gyfansoddiad submicrosgopig.
Y chwyddhad yw'r prif wahaniaeth. Ni waeth faint o chwyddo a ddefnyddir, mae gan ficrosgopau optegol uchafswm chwyddhad na all y llygad dynol ei ddirnad. y(min)=0.61*tonfedd / (n*sinu) Yr uchafswm yw tua 1.5 hyd yn oed os yw n*sinu wedi'i foddi mewn olew, ac mae'r symiau sy'n weddill yn dibynnu ar faint y donfedd. Felly, ofer yw chwyddo i mewn oherwydd bod uchafswm chwyddo microsgop optegol tua 1000 o weithiau. Gan fod tonfedd y trawstiau electron a ddefnyddir mewn delweddu microsgop electron yn sylweddol fyrrach na golau gweladwy, gallant ddatrys manylion bach, gan ganiatáu ar gyfer chwyddiadau o hyd at sawl miliwn.
